بعد العمل بنظام فارس تم رصد بعض من سلبيات نظام فارس وققدم بعض المعلمين والمعلمات شكاوى وتذمرات من نظام فارس الجديد الذي اعتمدته وزارة التعليم هذا العام كبرنامج لرفع الاجازات والتقاعد والتكليفات المالية إلكترونيا.
حيث أوضح عدد من المعلمين والمعلمات اضطرارهم لمراجعة إدارات التعليم الكثير من المرات حتى يمكن انهاء طلب إجازة الأمومة أو رعاية المولود أو الإجازات الاستثنائية لأنها رفعت الكترونيا من حساب المعلمة إلى حساب مديرة المدرسة إلى إدارة شؤون المعلمين إلى مديرة مكتب التعليم الذي تتبع له المدرسة من أجل الموافقة أو الرفض للطلب ولكن المشكلة أن إرسال الطلب الكترونيا لا يذهب إلى الشخص المعني ولكن قد يضيع إلى إدارة أخرى أو يظل في البرنامج ويرجع مرة أخرى للمرسل.
وقد فضل الكثيرون البرنامج المطبق العام الماضي وهو برنامج عين المرتبط ببرنامج نور والذي كان مميزًا ولم يؤدي على حسب قول البعض إلى تعليق المعاملات والإجازات كما يحدث الآن.
حيث يعتقد البعض أن برنامج فارس يحتوي على العديد من المشاكل أهمها إنه يحفظ الطلب سواء كان صحيحًا أو غير صحيح ولا يسمح بتعديل البيانات الشخصية لصاحب الطلب لو كانت غير صحيحة.
مع عدم القدرة على التسجيل في حالة عدم مطابقة الأيبان، وتستغرق عملية تجميع البيانات في البرنامج وقت طويل ولا يتم بشكل فوري وسريع، والإجازة لا تصدر مباشرة بعد اعتمادها من صاحب الصلاحية ولكن يتم الانتظار لكل من صاحب الصلاحية بدون تحديد مدة معينة.