يكون دعاء القنوت في صلاة الوتر في الركعة الأخيرة ،قبل الركوع أو بعده ،ويرفع المصلي اليدين إلى الصدر ويضمهما حال المستجدي ويقرأ الدعاء،
ومن المستحب أيضا أن يقرأ المصلي دعاء بعد التسليم من الصلاة لما روى أبي ابن كعب قال:
كان رسول الله -صلّى الله عليه وسلّم- إذا سلّم من الوتر قال: "سبحان الملك القدّوس"، رواه أبو داود.
دعاء الوتر
الدعاء الذي ورد بخصوص صلاة الوتر كما جاء في الحديث الصحيح حديث الحسن بن علي -رضي الله عنهما- أنَّ النبي -عليه الصلاة والسلام- علمه كلمات ليقولها في قنوت الوتر:
( اللهم اهدني فيمن هديت، وعافني فيمن عافيت، وتولني فيمن توليت، وبارك لي فيما أعطيت، وقني شر ما قضيت، فإنك تقضي بالحق ولا يقضى عليك،
وإنه لا يذل من واليت، ولا يعز من عاديت، تباركت ربنا وتعاليت) وجاء في رواية أخرى عن علي رضي الله عنه أن النبي -عليه الصلاة والسلام- كان يزيد في دعاء القنوت
(اللهم إني أعوذ برضاك من سخطك، وبعفوك من عقوبتك، وبك منك لا أحصي ثناء عليه أنت كما أثنيت على نفسك).